Der heutige Dom in Varaždin, eines der wichtigsten frühbarocken Sakralgebäude im nördlichen Kroatien, wurde zwischen 1642 und 1646 von den Jesuiten erbaut. Dieser Orden war für die Erneuerung der katholischen Kirche im 16. und 17. Jahrhundert sehr wichtig. Die Jesuiten sind im Jahr 1632 nach Varaždin gekommen, wo sie 1636 ein Gymnasium eröffnet haben. Als Architekt und Bauleiter wird der Jesuit Juraj Matota erwähnt. Graf Gašpar Drašković hat den Bau finanziert. Es handelt sich um eine einschiffige frühbarocke Kirche mit sechs Seitenkapellen, über denen sich zwei Galerien befinden.

Die im Jahr 1656 fertig gestellte und eingerichtete Sakristei hat durch den Umbau von 1726 ihre endgültige Form bekommen. Der im Jahr 1676 gefertigte Glockenturm war mit seinen Pfeilern in den Wandecken eine Neuerung, die erst im 18. Jahrhundert größere Verbreitung fand. Das Portal ist stilistisch das modernste in Kroatien des 17. Jahrhunderts. Die Dreiviertelhalbsäulen tragen an den hohen Stützpunkten den Giebel, der sich gegenüber der ornamentierten Nische öffnet, wo sich auf dem Postament die Statue der Jungfrau Maria befindet. Zu ihren Füssen sehen wir an einem Balken, mit Eisenhaken befestigt, das Wappen der Familie Drašković, die nach dem Grafen Gašpar der Hauptmäzen der Kirche war.

Das Gebäude stellt in Varaždin architektonisch und städtebaulich ein erstklassiges und hochwertiges Frühbarockprojekt dar. Daneben finden wir das zwischen 1679 und 1691 gebaute Kollegiumsgebäude, heute der Sitz der Fakultät für Organisation und Informatik, und das Gebäude des ehemaligen Gymnasiums, heute das Ordinariat der Diözese Varaždin.

Im Gegensatz zur reservierten und erhabenen Einfachheit der Aussengestaltung des Domes, ist die innere Gestaltung der Kirche durch ihre Pracht ausgeprägt. Der Hauptaltar, chronologisch dritter in der Reihe, wurde im Jahr 1737 fertig gestellt. Mit seiner Monumentalität füllt er die Breite und Höhe des Altarraums. Auf dem hohen und massiven Postament erhebt sich das zweistöckige Altarbild. Im unteren Stock nimmt das Altarbild der Himmelfahrt Marias, in der Komposition durch gleichnamige Motive von Rubens, Tizian und Reni inspiriert, den zentralen Platz ein. Links und rechts vom Altarbild, zwischen den Säulen, befinden sich die Statuen der Apostel Petrus und Paulus, des Jesuitengründers Ignatius von Loyola und der Heiligen Franz von Xaver, Johann Nepomuk und Donatus. Im oberen Stock teilt das Zentralbild der heiligen Joachim und Anna mit den Statuen der vier Evangelisten die Szene der Verkündigung - die Jungfrau Maria an einer Seite, der Erzengel Gabriel an der anderen. Zwei schwebende Engel richten ihren Blick auf die Heilige Dreifaltigkeit an der Spitze des Altarbildes. Die Altarmensa enthält den Tabernakel mit den gravierten Ornamenten. Mit seinen Kleinsäulen und dem Säulengebälk wiederholt er das Hauptmotiv des Altarbildes.

Alle sechs Seitenkapellen hatten früher ihre eigenen Altäre. Heute sind nur drei erhalten geblieben. Die Altäre der Heiligen wie Franz von Xaver und Ignatius von Loyola in den ersten Kapellen rechts und links vom Altarraum, gebaut 1742 und 1743, sind identisch in Bezug auf die architektonische Konstruktion und Ornamente, und als sich ergänzend gedacht und ausgeführt. Auf Kosten des Bischofs von Eger (in Ungarn), Grafen Gabriel Erdödy, wurde die Kapelle des Heiligen Franz von Xaver im Jahr 1710 mit der reichen Stuckarbeit geziert, in der Reliefs mit Szenen aus dem Leben des Heiligen dargestellt sind. Der Autor ist wahrscheinlich Antun Josip Quadri. Die „Bruderschaft der Passion und des Todes Christi oder guten Todes" hat sich um die Kapelle und den Altar des Heiligen Kreuzes gekümmert. Die Kapelle wurde mit der vergoldeten Stuckarbeit und Rokokomotiven geziert und 1764 mit dem Eisenzaun abgetrennt. Der Altar, der als eines der besten Rokokokunstwerke im nördlichen Teil Kroatiens angesehen wird, wurde etwas früher gebaut, wahrscheinlich im Jahr 1762. Auf gelungene Weise wurde in den Altar das vorherige, mit dem Glas geschützte Altarbild der Kreuzigung integriert. In den anderen Seitenkapellen befinden sich mehrere Bilder, teilweise in Originalrahmen, die zumeist aus dem 17. Jahrhundert stammen. Einige von ihnen befanden sich vormals wahrscheinlich an alten Altären. Blaž Grueber aus Varaždin hat im Jahr 1727 die Sakristei mit den Dach- und Wandbildern verziert. Sie sind die Erstlinge der barocken illusionistischen Malerei im nördlichen Kroatien.

Von der Kanzel, bestellt in Graz 1761, gibt es heute nur noch den unteren Teil im Rokokostil, mit einem Relief vom Sturm auf dem See. Der durch einen Brand 1776 zerstörte Baldachin wurde im 19. Jahrhundert durch eine klassizistische Konstruktion ersetzt.

Die im Jahr 1649 erste eingebaute Orgel ist 1665 verbrannt. Man hat später eine neue Orgel angeschafft, die im Jahr 1747 wiederum durch eine neue ersetzt wurde, vom Orgelbaumeister Josip Papa jr. in Varaždin gebaut. Nachdem diese abgenutzt war, wurde von J. Brandl aus Maribor eine neue bestellt, wobei alte Schränke und das Positiv, das als Verzierung gedient hatte, geblieben sind. Zwischen 1988 und 1998 hat der Orgelbaumeister Wolfgang Braun aus Deutschland die heutige Orgel gebaut, die 54 tönende Register und eine grosse Auswahl freier Kombinationen und Verbindungen hat. Im neuen dreiteiligen Prospekt findet sich noch immer der alte Zentralschrank aus dem 18. Jahrhundert.

Zwischen 1988 und 1998 wurde eine neue Orgel, die fünfte in der Reihe, gebaut, deren Qualität bei den bekannten Barockabenden in Varaždin besonders zum Ausdruck kommt

Nach der Aufhebung des Jesuitenordens im Jahr 1773 wurde die Kirche 1776 von den Paulanern übernommen, die 1777 eine neue Fassade mit dem Relief der Heiligen Dreifaltigkeit anbringen ließen. Nach ihrer Aufhebung im Jahr 1786 wurde die Kirche säkularisiert und ist 1788 ein Silo fürs Militär. Im Jahr 1797 wurde sie wieder für den gottesdienstlichen Gebrauch neu konsekriert, dem Gymnasium zur Nutzung überlassen und von den Priestern und Religionslehrern des Gymnasiums bis 1949 geleitet.

Das Kapitel in Čazma, das noch 1810/11 nach Varaždin umgezogen ist, hat sie im Jahr 1954 als seine Kapitelkirche bekommen. Durch den päpstlichen Erlass des Johannes Paul II., Clarorum sanctorum vom 5. Juli 1997, wurde sie zum Dom der neugegründeten Diözese Varaždin bestimmt.

Die Kirche wurde durch die Brände von 1650, 1665, 1776 und 1818 leichter oder schwerer geschädigt und 1653, 1671, 1698, 1756, 1777, 1818, 1875, 1900, 1937 jeweils restauriert. Zwischen 1982 und 1995 wurde die Kirche außen und innen gründlich und fachlich renoviert. Neben dem restauratorischem Institut Kroatiens, das die Arbeiten ausgeführt hat, ist für dieses Projekt dem Msgr. Alojzije Domislović, Kanonikus Lektor der damaligen Kapitelkirche, der Stadt Varaždin und dem Kulturministerium besonders zu danken.

Der Dom hat im Jahr 1998 von der Kolpingfamilie der Erzdiözese Padernborn einen neuen Zelebrationsaltar, zwei Ambos und einen Kerzenleuchter für die Osterkerze geschenkt bekommen, die im Stil grossen Altars aus einem zweihundert Jahre alten Eichholz aus Westfalen von Johannes Roebbecke erstellt wurden.

Für das fünfjährige Jubiläum der Diözese im Jahr 2002 wurde eine neue Bronzentür bestellt, die vom Professor Hrvoje Ljubić gegossen wurde. Im Tympanon befindet sich das Relief der Himmelfahrt Marias, Königin der Erde und des Himmels. Ihr zur linken und rechten sieht man Schutzheilige der Diözese, den seligen Alojzije Stepinac und den heiligen Marko Križevčanin. In den vier Kassetten des oberen Teils der Türflügel befinden sich Reliefszenen aus dem Leben Marias. In den vier unteren Kassetten die Bilder der Marienkirchen in Lepoglava, Močile und Sveti Juraj na Bregu, sowie der Wallfahrtsort vom Heiligsten Blut Christi in Ludbreg. Die Kassette wird durch die lateinische Schrift des Tympanons an der Tür geteilt: Diözese von Varaždin, gegründet am 5. Juli 1997. Die oberen Kassetten sind von den unteren durch Handgriffe in der Form griechischer Kreuze getrennt, in denen sich die Wappen von Papst Johannes Paul II., Gründer der Diözese Varaždin, und Marko Culej, ihr erster Bischof, befinden. Neben den Handgriffen sind auch ihre Bischofswahlsprüche zu lesen.

Der bekannte kroatische und kajkawische Schriftsteller, der Jesuit Pater Juraj Habdelić, hat in seinem Werk Zercalo Marijansko (Marienbild), herausgegeben in Graz 1662, über die Kirche Mariä Himmelfahrt von Varaždin geschrieben: Sie hat kein Gegenstück im slawonischen Königreich, außer den Dom in Zagreb.

Die neue Jesuitenkirche mit ihren ersten fünf Altären wurde am 28. Mai 1656 vom Zagreber Bischof Petar Petretić eingeweiht. Nachdem die Kirche im Jahr 1787 säkularisiert wurde, wurde sie am 1. Mai 1797 vom Pfarrer aus Vinica und dem Kanonikus aus Čazma Ivan Ivanović wieder für den Gottesdienst gesegnet

Die Kirche der Mariahimmelfahrt mit ungefähr zehn anderen Kirchen und Kapellen hat der Stadt Varaždin schon im 19. Jahrhundert den Namen "das kleine Rom" gebracht

Der Dom hat mehrere Gräber, in die seit dem 19. Jahrhundert niemand begraben wird. Vor dem Hauptaltar befindet sich das Grab in dem die Jesuiten begraben wurden und alle Seitenkapellen haben ihre Gräber. Die Krypta der adeligen Familie Drašković befindet sich in der Kapelle der Gottesmutter aus Loretto, links vom Haupteingang

Für die letzte fachliche und gründliche Renovierung (zwischen 1982 und 1995) unter der Leitung des restauratorischen Institutes Kroatiens, ist dem Msgr. Alojzije Domislović, dem Kanonikus Lektor des Kapitels von Čazma und Varaždin besonders zu danken

Zuerst Jesuiten- (1642-1773), dann Paulaner- (1776-1786), Gymnasiums- (1797-1949) und Kapitelskirche (1954-1997), wurde die Kirche der Mariahimmelfahrt am 5. Juli 1997 zum Dom der neugegründeten Diözese von Varaždin