Po osnutku Varaždinska biskupija nije imala svojih materijalnih dobara, osim onih koje su posjedovale župe. Grad Varaždin i Varaždinska županija dali su Biskupiji na korištenje dvije zgrade za potrebe Biskupskog ordinarijata i Biskupskog dvora.

Biskupski ordinarijat, u kojem se nalaze glavni uredi Biskupije, smješten je neposredno uz katedralu s kojom je povezan nekadašnjom Lauretanskom kapelom. Zgradu su podigli isusovci kao jednokatnu uglovnicu, vezanu uz isusovačku crkvu Uznesenja Marijina, a služila je za potrebe gimnazije. Početkom 19. st. ta je zgrada bivše isusovačke gimnazije dograđena, a sredinom 1997. godine preuređena je za potrebe Varaždinske biskupije. U Biskupskom ordinarijatu nalaze se službene prostorije varaždinskog biskupa i njegovih najbližih suradnika. Uz biskupa Mrzljaka u Ordinarijatu na toj adresi, u Pavlinskoj ulici 4, djeluju, generalni vikar mons. Antun Perčić, kancelar Biskupije preč. Ivan Rak, ekonom Biskupije vlč. Josip Hadrović, te ravnatelj Ustanove za uzdržavanje klera i drugih crkvenih službenika i Svećeničkog doma preč. Mirko Horvatić.

Od 2002. do 2004. godine građen je novi svećenički dom namijenjen smještaju umirovljenih svećenika na adresi Zagrebačka 3. U suvremeno opremljenom domu uređeno je 16 apartmana za svećenike, u potkrovlju se nalaze stanovi za redovnice, a u prizemlju su velika blagovaonica i kapela sv. Ivana Vianneya. Apartmani za goste nalaze se i u susjednom pastoralnom centru, gdje je uz biskupijske urede uređena i velika multimedijalna dvorana za susrete.

U Pastoralnom centru Varaždinske bskupije u Zagrebačkoj 3 djeluje ured Biskupijskog Caritasa, kojeg vodi mr. Ante Šola, zatim Katehetski ured koji vodi preč. mr. Damjan Koren i Ured za pastoral mladih, čiji je predstojnik vlč. Tihomir Kosec. Zatim Ured za crkvenu glazbu kojeg vodi mo. Anđelko Igrec te Bračno i obiteljsko savjetovalište, koje vodi laik Branko Pagadur. Na toj adresi djeluje i Ured za pastoral u medijima, kojeg vodi mr. Anita Treščec te Ured za sakralnu arhitekturu i liturgijski pastoral kojeg vodi preč. dr. Mario Kopjar. Povjerenstvo za pastroal Roma u istoj zgradi ima svoje tajništvo. Na toj adresi nalazi se i Arhiv, Biskupijska knjižnica te Matični ured, koje vodi vlč. mr. Damir Bobovec. Povjerenikom za papinsko misijsko djelo imenovan je vlč. Dominik Vukalović (župnik župe sv. Leopolda Bogdana Mandića u Koprivnici), a povjerenikom za duhovna zvanja vlč. Siniša Dudašek (župnik u Sračincu).

Obiteljski centar i Ured za obitelj, kao i Povjerenstvo za katoličke laičke udruge, koje vodi preč. mr. Josip Koprek, djeluju u kuriji Zbornog kaptola Čazmansko-varaždinskog na adresi Trg bana Josipa Jelačića 8.

Uz 20. obljetnicu Varaždiske biskupije 2017. godine svoja je vrata otvorio novoizgrađeni Caritasov centar Varaždinske biskupije na Banfici. Na adresi Bombellesova cesta bb, na području Župe svetog Josipa, na novoizgrađenih 1500 kvadratnih metara prostora Caritas Varaždinske biskupije je objedinio sve svoje djelatnosti; pučku kuhinju s pratećim objektima za skladištenje i hladnim komorama, ljekarnu, dječji odjel, odjel za odjeću i obuću, odjel za osobe s invaliditetom, odjel podjele paketa živežnih namirnica, novčane pomoći, namještaja, posuđa i drugih potrepština. U uredskim prostorima Caritasovog centra smještena je i djelatnost Povjerenstva za pastoral osoba s invaliditetom i njihovih obitelji.
Pod okriljem Biskupijskog Caritasa djeluju i dvije ustanove. To su Dom za starije i nemoćne "Sv. Ivan Krstitelj" u Ivancu, te Dnevni boravak djece "Dr. Antun Bogdan" u Čakovcu. 

Varaždinska biskupija obnovila je stari pavlinski ljetnikovac i kuriju s crkvom u mjestu Veternica u župi Mihovljan. Premda se nalazi na području Zagrebačke nadbiskupije, objektom upravlja Varaždinska biskupija, jer je isti kroz čitavu svoju povijest bio vezan uz lepoglavski samostan pavlina koji je na području Varaždinske biskupije. Od 18. rujna 2011. godine, nakon blagoslova poslije obnove, ovaj pavlinski ljetnikovac dobiva ime Duhovni centar Varaždinske biskupije.  Duhovni centar mogu koristiti župne zajednice mladih, župni suradnici, vjeroučitelj, ministranti, župni zborovi, bračne zajednice i drugi vjernici katolici. Duhovne susrete mogu voditi župnici, duhovnici zajednica ili ravnatelj Duhovnog centra vlč. Damjan Koren.

U Ludbregu je uz župnu Crkvu Presvetog Trojstva, Petra Zrinskog 1, 2014. godine izgrađen Pastoralni centar Varaždinske biskupije s ciljem, da svetište Predragocjene Krvi Kristove u Ludbregu, koje iz godine u godinu postaje sve posjećenije, dobije adekvatan prostor za svećenike ispovjednike i hodočasnike osobito u vrijeme Svete Nedjelje, ali i da posluži za potrebe župe Ludbreg i Varaždinske biskupije za razne druge pastoralne susrete i aktivnosti tijekom čitave godine.