Sveti Otac Ivan Pavao II., svetac naših dana, 5. srpnja 1997. godine, svojom bulom Clarorum sanctorum utemeljio je Varaždinsku biskupiju izdvojivši z Zagrebačke nadbiskupije  9 dekanata na prostoru od 3100 četvornih kilometara s oko 400 000 vjernika. Prvim biskupom nove Biskupije imenovao je dotadašnjeg pomoćnog biskupa zagrebačkog mons. Marka Culeja (1938-2006) koji je ustoličen u Varaždinu 28. rujna 1997. godine čime zapravo započinje djelovanje nove Varaždinske biskupije.

Varaždinska biskupija zauzima na sjeverozapadu Hrvatske prostor tri županije, Međimurske, Varaždinske i dijelom Koprivničko-križevačke, a u područje Varaždinske biskupije pripadaju i neke župe s područja Bjelovarsko-bilogorske, Krapinsko-zagorske i Virovitičko-podravske županije.

Prirodnu granicu između sadašnje Zagrebačke nadbiskupije i Varaždinske biskupije čine gora Ivančica, te područja Kalnika i Bilogore. Sjevernu granicu Varaždinske biskupije predstavljaju rijeke Mura i Drava, odnosno državna granica Republike Hrvatske s Mađarskom i Slovenijom. Po teritorijalno-pastoralnom ustrojstvu Varaždinska biskupija sastoji se od 3 arhiđakonata; Varaždinsko - zagorskog, Međimurskog i Podravskog, 12 dekanata; Bednjanski, Čakovečki, Đurđevački, Istočnovaraždinski, Ivanečki, Koprivnički, Ludbreški, Preloški, Štrigovski, Varaždinskotoplički, Virovski i Zapadnovaraždinski, te 105 župa.
U trenutku osnivanja Biskupija je imala 97 župa i 9 dekanata, a zbog pastoralnih potreba osnovana su tri nova dekanata te je ustrojeno nekoliko novih župa.

Od 105 župa na području Biskupije, njih 7 vode redovnici, a ostale dijecezanski (biskupijski) svećenici. Biskupija trenutačno ima 150 dijecezanskih svećenika, a na njezinom području djeluje i 30-ak redovničkih svećenika (od čega njih 15 u službi župnika ili župnih vikara), nekoliko braće redovnika i oko 100 redovnica.

U Biskupiji se nalazi i 15 redovničkih samostana te 8 redovničkih kuća i zajednica (različitih družbi). Od redovnika na području Biskupije nalaze se samostani i kuće franjevaca u Čakovcu, Varaždinu i Koprivnici, kapucina u Varaždinu, konventualaca u Novom Marofu i Molvama, te trećoredaca u Kloštru Podravskom. Redovnice svoje samostane i kuće imaju u Virju (dominikanke), Belici (karmelićanke Božanskog Srca Isusova), Koprivnici i Svetom Iliji (kćeri Božje ljubavi), Čakovcu (kćeri milosrđa III. samostanskog reda sv. Franje i školske sestre franjevke), Ivanečkom Vrhovcu (klanjateljice Krvi Kristove), Novom Marofu (franjevke misionarke iz Asiza) te Varaždinu (uršulinke). Također milosrdne sestre sv. Vinka Paulskog djeluju u samostanima i kućama u Ludbregu, Molvama, Varaždinskim Toplicama i Varaždinu, a služavke Malog Isusa u Kloštru Podravskom i Pitomači.